Filogenetska analiza izolata poliomavirusa iz nekoliko uzgoja papiga u Republici Hrvatskoj

diplomski rad

• Naslov (engleski): Phylogenetic analysis of Polyomavirus isolates from several parrot breeders in Republic of Croatia
• Autor: Andrija Jajac
• Mentor: Željko Gottstein (mentor)
• Član povjerenstva: Danijela Horvatek Tomić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Liča Lozica (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Željko Gottstein (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ljubo Barbić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Veterinarski fakultet; Zagreb
• Datum i država obrane: 2022-09, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO; Veterinarska medicina; Veterinarsko javno zdravstvo i sigurnost hrane

Sažetak

Polyomaviridae, roda Polyomavirus. Cilj ovog istraživanja bio je filogenetskom analizom
sekvenci specifično umnoženih odsječaka genoma utvrditi njihovu međusobnu srodnost kao i
srodnost sa sojevima iz međunarodnih baza genoma poput NCBI baze. U istraživanju su
korišteni uzorci iz arhive Zavoda za bolesti peradi s klinikom, prethodno izdvojeni iz uginulih
ptica kućnih ljubimaca. Iz unutarnjih organa izdvojena je ukupna DNK, umnožena PCR
metodom korištenjem specifičnih početnica, nakon čega su umnoženi isječci sekvencirani
Sanger metodom u svrhu provedbe filogenetske analize. Filogenetska analiza je pokazala
određeni stupanj heterogenosti s obzirom na porijeklo, ali ne i s obzirom na vrstu ptice i sam
uzgoj. Utvrđen je slučaj pojave varijacija dvaju izolata ptičjeg poliomavirusa u istom domaćinu,
u njegova dva organa, jetri i slezeni, koji se djelomično razlikuju, što nije opisano u dosadašnjoj
literaturi.

Sažetak (engleski)

Avian polyomavirus is one of the most important viral pathogens of caged birds which every
year results in significant economic losses for bird breeders and pet store owners. The most
devastating disease outbreaks occur in large commercial aviaries of the budgerigar species
where the birds are raised in large volieres with dozens or hundreds of free-flying birds. Both
young and adult specimens of budgerigars are susceptible to infection. The mortality rate of
hatchlings is often high and can approach 100% when the virus is first introduced into the
aviary. The causative agent is a DNA virus from the family Polyomaviridae, genus
Polyomavirus. The goal of this research is to determine the similarity of the investigated strains
and compare them with the online available strains from international genome databases such
as the NCBI database through phylogenetic analysis of the sequences of specifically amplified
segments of the genome. In this research, we used archived samples from Department of Poultry
Diseases with Clinic, previously isolated from the carcasses of pet birds. Total DNA was
extracted from internal organs and amplified through PCR using specific primers. Afterwards,
the amplified PCR products were sequenced using Sanger method to perform phylogenetic
analysis. The phylogenetic analysis showed a certain degree of heterogeneity with respect to
origin of the isolates, but not with respect to the bird species and breeder. According to the
available literature, this was the first case where two phylogenetically distinct APV strains were
isolated from two organs, liver and spleen, of the same host.

• Ključne riječi: papige; Polyomavirus; PCR; sekvenciranje; filogenetska analiza
• Ključne riječi (engleski): parrots; Polyomavirus; PCR; sequencing; phylogenetic analysis
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:178:425011
• Studijski program: Naziv: Veterinarska medicina; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica veterinarske medicine (dr. med. vet.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2022-10-13 07:44:17