DOKAZ I TIPIZACIJA UZROČNIKA VIRUSNE ETIOLOGIJE U PROBAVNOM TRAKTU PURANA PRIMJENOM METODE SEKVENCIRANJA ČITAVOG GENOMA

diplomski rad

• Autor: Lucija Klarić
• Mentor: Željko Gottstein (mentor)
• Član povjerenstva: Maja Lukač (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Željko Gottstein (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Danijela Horvatek Tomić (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Veterinarski fakultet; Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-06, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO; Veterinarska medicina

Sažetak

Tov purana je jedan od najosjetljivijih oblika peradarske proizvodnje. Problemi od strane probavnog sustava su jedni od najčešćih te se javljaju od samih početaka proizvodnje. Najčešći uzročnici su oni virusne etiologije, često u vidu kompleksa, poput PEMS – a, koji mogu uzrokovati značajne gubitke samostalno ili kao posljedica sekundarnih bakterijskih i parazitarnih infekcija.
Uzročnici kao što su astrovirusi, rotavirusi, reovirusi, adenovirusi i drugi, su jedni od najčešće izdvojenih patogena iz probavnog sustava. Problem predstavlja vertikalni prijenos, horizontalno širenje te loši higijenski uvjeti koji se teško suzbijaju i preveniraju biosigurnosnim mjerama, koje su često jedini način borbe protiv ranije spomenutih uzročnika. U ovom istraživanju su na pretragu dostavljeno purići porijeklom od 7 različitih jata i različitih dobavljača, dobi 3 i 54 dana. Nakon žrtvovanja, uzeti su skupni uzorci tkiva tankog crijeva od pet jedinki koji su do daljnje analize čuvani na -80 ˚C. Nakon homogenizacije i centrifugiranja tkiva filtriran je supernatant koji je tretiran nukleazama, a iz pročišćenih viriona su izdvojene nukleinske kiseline iz kojih je uklonjena ribomosomska RNA. Uzorci su pročišćeni i korišteni za sintezu komplementarne cDNA koja je sekvencirana uređajem MiSeq (Ilumina). Pomoću dva tipa programa na Geneious platformi su sirove sekvence spojene u kontigove te su nakon toga sekvencirani virusi klasificirani do stupnja porodice, nakon čega je provedeno sravnjivanje i filogenetska analiza. U uzorcima je dokazana prisutnost samo astrovirusa u 3 od 7 jata dok je rotavirus dokazan samo u jednom jatu. Longitudinalnim monitoringom pozitivnog jata dokazano je prisustvo astrovirusa u dobi do 14 dana i odstustvo nakon 30. dana starosti. Dokazani virusa pokazuju najveću sličnost sa virusom podrijetlom iz Poljske. Rezultati su pokazali na ranu visoku prevalenciju astrovirusa i relativno nisku prevalenciju rotavirusa, čime ukazuju na potrebu poboljšanja higijenskih uvjeta i biosigurnosnih mjera na farmi, kao i mogućeg poboljšanja imunoprofilakse na roditeljskim farmama čime bi se smanjio vertikalni pritisak na proizvodna tovna jata.

Sažetak (engleski)

Turkey fattening is one of the most sensitive forms of poultry production. Problems with the digestive system are one of the most common and occur from the very beginning of production. The most common causes are those of viral etiology, often in the form of complexes, such as PEMS, which can cause significant losses on their own or as a result of secondary bacterial and parasitic infections.
Causes such as astroviruses, rotaviruses, reoviruses, adenoviruses and others are among the most commonly isolated pathogens from the digestive system. The most common problems are vertical transmission, horizontal spreading and poor hygiene conditions that are difficult to control and prevent with biosecurity measures, which are often the only way to combat the previously mentioned pathogens. In this study, turkeys from 7 different flocks and different suppliers, aged 3 and 54 days, were submitted for search. After sacrifice, aggregate small intestinal tissue samples of five individuals were taken and stored at -80 ˚C until further analysis. After homogenization and centrifugation of the tissue, the supernatant was filtered and treated with nucleases, and nucleic acids were extracted from the purified virions from which the ribosomal RNA was removed. Samples were purified and used for the synthesis of complementary cDNA sequenced by the MiSeq (Ilumina) device. Using two types of programs on the Geneious platform, the raw sequences were joined into contigs, after which the sequenced viruses were classified to the family level, after which comparison and phylogenetic analysis were performed. The presence of astrovirus alone was detected in the samples in 3 of 7 flocks while rotavirus was detected in only one flock. Longitudinal monitoring of the positive flock proved the presence of astrovirus up to 14 days of age and absence after 30 days of age. Proven viruses show the greatest similarity with the virus originating from Poland. The results showed an early high prevalence of astrovirus and a relatively low prevalence of rotavirus, indicating the need to improve hygiene conditions and biosecurity measures on the farm, as well as a possible improvement in immunoprophylaxis on parent farms to reduce vertical pressure on production flocks.

• Ključne riječi: tipizacija; virusna etiologija; probavni trakt; puran; metoda sekvenciranja; imunoprofilaksa
• Ključne riječi (engleski): turkey; poultry production; viral etiology; immunoprophylaxis; biosecurity measures; longitudinal monitoring
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:178:548706
• Studijski program: Naziv: Veterinarska medicina; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica veterinarske medicine (dr. med. vet.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-07-13 09:19:21