Kvantifikacija sojeva bakterije Escherichia coli uzgojenih simultano in vitro ili in vivo postupkom qPCR-a s ciljem dokaza klonalne selekcije

diplomski rad

• Naslov (engleski): Quantification of Escherichia coli strains cultivated simultaneously in vitro or in vivo using qPCR method with aim to prove the clonal selection
• Autor: Marija Fajdetić
• Mentor: Željko Gottstein (mentor)
• Član povjerenstva: Danijela Horvatek Tomić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Maja Lukač (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Željko Gottstein (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Josipa Habuš (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Veterinarski fakultet; Zagreb
• Datum i država obrane: 2021-06, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO; Veterinarska medicina; Veterinarsko javno zdravstvo i sigurnost hrane

Sažetak

Kolibacilozu u uzgojima peradi na manjem geografskom području ili na razini jata najčešće uzrokuje jedan ili nekoliko sojeva bakterije Escherichia coli koji pokazuju karakteristike klonalnosti. Cilj istraživanja bio je utvrditi da li se pojedini soj bakterije E. coli bolje i brže umnaža u in vivo i in vitro uvjetima prilikom simultanog umnažanja s drugim sojem zbog posjedovanja određenih gena virulencije, te da li potiskuje drugi soj. Za umnažanje sojeva koristili smo Brain Heart Infusion bujon, te komercijalne i SPF kokošje zametke, nakon čega su pojedini sojevi kvantificirani qPCR-om. Koristili smo četiri različita soja E. coli. In vitro pokus rađen je s uzorcima u triplikatu za svaki soj i kombinaciju, a u in vivo pokusu za svaki soj i kombinaciju korišteno je po pet komercijalnih i po pet SPF kokošjih zametaka. Praćeno je i ugibanje zametaka. In vitro pokus pokazao je da nema značajne razlike u simultanom umnažanju dvaju različitih sojeva u bujonu. S druge strane, prilikom simultanog umnažanja dvaju sojeva u kokošjim zametcima, soj koji je imao više gena virulencije se brže i bolje umnažao, te moguće potisnuo umnažanje drugog soja, što potvrđuje našu hipotezu.
Temeljem dobivenih rezultata, moguće je da na sporije individualno umnažanje slabije patogenih sojeva u zametcima, pogotovo komercijalnim, potencijalno sinergistički djeluje i imunost domaćina, posebice vertikalno prenesena materalna imunost, što treba naknadno utvrditi.

Sažetak (engleski)

Colibacillosis in poultry production, in a smaller geographical area or at the flock level, is most often caused by one or few strains of Escherichia coli that show clonality. Our goal was to determine whether a single strain of E. coli multiplies better and faster in in vivo and in vitro conditions after simultaneous inoculation with another strain due to the possession of certain virulence genes, and whether it suppresses another strain. Strains were inoculated in the Brain Heart Infusion broth, as well as in commercial and SPF chicken embryos. Afterwards, multiplication was quantified by qPCR. We used four different strains of E. coli. An in vitro experiment was performed in triplicate samples for each strain and combination of strains. Five commercial and five SPF chicken embryos per strain and combination were used for the in vivo experiment. Embryonic lethality was also monitored. An in vitro experiment showed no significant difference in the simultaneous multiplication of two different strains when propagated in the broth. On the other hand, during the simultaneous multiplication of two strains in the chicken embryos, the strain that had more virulence genes multiplied faster and better than the other strain, and possibly suppressed its multiplication, which confirms our hypothesis.
Based on the results, we assume that slower individual multiplication of the less pathogenic strains in the embryos, especially in commercial ones, is probably synergistically influenced by immune mechanisms, especially vertically transmitted maternal immunity, what will be further investigated.

• Ključne riječi: Escherichia coli; APEC; klonalnost; geni virulencije; qPCR
• Ključne riječi (engleski): Escherichia coli; APEC; clonality; virulence genes; qPCR
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:178:015883
• Studijski program: Naziv: Veterinarska medicina; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski; Akademski / stručni naziv: doktor/doktorica veterinarske medicine (dr. med. vet.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2021-07-13 09:39:37